Timmi spielt am Badesee mit seinem Boot im Wasser, als es im Schilf plötzlich zu Blubbern beginnt. Neugierig geht er näher heran. Die Freude ist groß, als das Guckrohr eines Uboots auftaucht: Es ist der Kater Kapitän Nauti, Neptuns erster und einziger Uboot-Kapitän! Heute erfährt Timmi Kapitän Nautis spannende Geschichte, wie er vom gewöhnlichen Hafenkater zum Uboot-Kapitän befördert wurde. Eine Meerjungfrau, Clowns der Lüfte, mit allen Wassern der Häfen der Welt gewaschene Hafenratten und natürlich Neptun persönlich sind maßgeblich daran beteiligt. Jeder Teil der Kapitän Nauti Reihe ist eine in sich abgeschlossene Geschichte. Ein Einstieg in die Geschichte ist bei jedem Teil möglich.
