Rivayet olunur ki Akşemsettin; kalp, ruh ve gönle ait olan kusur ve hastalıkları tedavi eden bir gönül mimarı olduğu kadar aynı zamanda bedensel rahatsızlıklar (hekimlik) konusunda da iyi bir uzman idi. Tıp ilminde de kendini yetiştiren Akşemsettin Hazretleri, çeşitli hastalıklara, hangi otlardan hazırlanan ilaçların iyi geleceğini bilirdi. Bu husustaki ilmi dillere destan idi.
Bilimler tarihinde, mikrobun hastalık sebebi olarak keşfi XIX. asırda Fransız âlimlerinden Pasteur`e izafe edilirse de mikrop aslında XV. yüzyılda keşfedilmiştir. Ve kaşifi de büyük bir İslam bilgini ve hekimi olan Akşemsettin`dir.
Akşemsettin dinî ilimlerde olduğu gibi tıbbî ilimlerde de büyük bilgiye sahipti. Hastalıkların teşhisini yanılmadan koyar, ilacını da bizzat kendisi hazırlardı. Bitkiler üzerinde geniş araştırmaları vardı.
Akşemsettin, o yıllarda binlerce kişinin ölümüne sebep olan bulaşıcı salgın hastalıklarla da yakından ilgilenmişti. Resulullah Efendimizin, “Ölümden başka her derdin devası vardır.” sözleri kendisine rehberlik etmekteydi. Hastalığın tedavisi, hiç şüphesiz hangi yollarla bulaşıp yayıldığının tespitine bağlıdır. Akşemsettin bu konuda, araştırmalar yaptı.
Çünkü o devirde salgın hastalıklar binlerce insanın ölümüne sebep oluyordu. Sonunda “Maddetü`l-Hayat” adlı eserinde:
“Hastalıkların insanlarda birer birer ortaya çıktığını sanmak yanlıştır. Hastalıklar insandan insana bulaşmak suretiyle geçer. Bu bulaşma gözle görülmeyecek kadar küçük fakat canlı tohumlar vasıtasıyla olur.” diyerek bundan beş yüz sene önce mikrobun tarifini yapmıştır.
Bu ifadeleriyle Akşemsettin, mikrobun tarifini yapmış, her türlü hastalığı gözle görülmeyecek kadar küçük canlıların meydana getirdiğini, dünyada ilk defa ileri sürmüş oluyordu.
Onun bu açıklamaları yaptığı dönem, mikropları ilk olarak tanıtan İtalyan Hekim Fracastor’dan yaklaşık 100 sene öncedir. Akşemsettin Hazretleri, etkileri bakımından kansere benzeyen seretan denilen bir hastalıkla da uğraşmıştı. Akşemsettin’in bu keşfi mikroskobun icadından yıllar öncedir.