Бауэр, состоявший сперва в лагере правых гегельянцев, выступил против Штрауса. По мнению Бруно Бауэра, евангельские рассказы суть не продукты бессознательного коллективного творчества христианской общины, как полагает Штраус, а являются тенденциозными, преднамеренными измышлениями отдельных лиц.
Философскую основу религиозных споров между Штраусом и Б. Бауэром вскрыл Ф. Энгельс: «Спор между Штраусом и Бауэром, — писал он, — велся под видом философской борьбы между „самосознанием“ и „субстанцией“. Вопрос о том, возникли ли евангельские рассказы о чудесах путем бессознательного, основанного на традиции, создания мифов в недрах общины или же они были сфабрикованы самими евангелистами, — разросся до вопроса о том, что является главной действующей силой во всемирной истории: „субстанция“ или „самосознание“» (1, 21, 280). Спор между сторонниками «субстанции» и сторонниками «самосознания» был спором по вопросу о том, как относится закономерный ход истории к истории мысли, к сознательной деятельности отдельных лиц. Штраус как сторонник либерального понимания исторического прогресса отстаивал права «субстанции». Б. Бауэр, будучи выразителем буржуазно-революционной идеологии, защищал права «самосознания» и тем самым подчеркивал решающую роль субъективного фактора в истории. Этим путем Б. Бауэр приходит к противопоставлению «критики» «некритической массе», культу личности и отрицанию исторической закономерности.
Младогегельянцам принадлежит большая заслуга в критике религии, они выступили против всякой религии. Но их атеизм покоился на идеалистическом мировоззрении и в силу этого не был последовательным.