Baja California Sur

A la cauda de dolencias y de muerte que dejaban las enfermedades habría que agregar, como posibles factores causales de la caída de la población indígena, los duros tratos que los indios recibían en algunas misiones.

los indios californios no dejaban de disminuir, y con ello la permanencia de los jesuitas en California perdía su razón de ser

el establecimiento de las misiones y el influjo de éstas sobre las rancherías indígenas comarcanas afectó negativamente a las tradiciones culturales de los cazadores-recolectores, desarticulándolas y empobreciéndolas, lo que seguramente hizo más difícil y azarosa la vida de quienes durante buena parte del año tenían que seguir viviendo de la caza y la recolección.

Los inmigrantes introdujeron en la región diversas enfermedades, como la viruela, el sarampión, la disentería, el paludismo, la tifoidea y la sífilis, males que causaron verdaderos estragos entre la población aborigen.

en 1697 había en la península una población autóctona de 41 500 individuos, cifra que en 1728 se había reducido a 30 500; en 1742, a 25 000; en 1762, a 10 000, y en 1768 a 7 149

A la monarquía le interesaba que se llevara a efecto la evangelización de los indios, pero también que la provincia rindiera beneficios
económicos tanto al real erario como a los pobladores laicos de origen español

California terminó por ser un mal negocio para el gobierno español.

Unos 20 años después de la fundación de Santa Ana, vivían en el distrito minero californiano unas 400 personas

Las rancherías de habla pericú quedaron diezmadas a raíz de la rebelión. En las décadas que siguieron, la población pericú continuó disminuyendo hasta quedar reducida a unos 200 individuos, los que, en su mayoría, estaban enfermos de sífilis, enfermedad que es posible que hayan introducido en California los marineros de los galeones de las Filipinas que llegaban a cargar agua

El más importante movimiento de resistencia indígena se produjo en los territorios del sur de la península en octubre de 1734. Se rebelaron primeramente los indios de la misión de Santiago,
cuyo ministro religioso, el padre Lorenzo Carranco, murió a manos de sus catecúmenos frente a las puertas de su iglesia. Los rebeldes mutilaron luego el cuerpo del religioso, lo arrastraron y, finalmente, lo arrojaron a una hoguera.