Большевики надеялись использовать соглашение с батькой, чтобы подорвать повстанческое движение и укрепить свой тыл: они пытались освободить советские части от борьбы с махновцами. Помня рейд Махно по тылам белых, красные считали, что теперь опять можно будет это повторить. Большевики лелеяли надежду на то, что рейд Махно по врангелевским тылам не только подорвет оборону белых, но и обескровит, а возможно, и приведет к разгрому саму армию Махно. Таким образом они надеялись убить сразу двух зайцев. Большевики также планировали использовать соглашение с батькой с пропагандистской целью, распространив миф о том, что Махно пошел на союз потому, что «решил кровью смыть свою вину перед революцией».
29 сентября 1920 года Пленум ЦК КП(б)У подтвердил решение установить контакт с махновцами для подписания военного соглашения. Было решено максимально использовать союз с Махно для организации внутри его армии подпольной большевистской работы. Махно издал приказ по Повстанческой армии — прекратить военные действия против красных частей и администрации. Через два дня такой же приказ издал командующий красным Южным фронтом Фрунзе. В махновском руководстве не было единодушной поддержки решения о союзе с красными. Некоторые махновские командиры, осуждавшие этот союз, угрожали покинуть армию и требовали распустить совет Повстанческой армии за его примиренчество и измену идеалам анархии.
Махно сначала занял выжидательную позицию, заявив, что он тяжело болен и не работает в совете, переложив таким образом всю ответственность за союз на своего заместителя Белаша, с которого он угрожал «спросить», если этот союз с красными окажется ловушкой. Махно мечтал получить возможность отдыха для своих бойцов, избавиться от преследования со стороны Красной армии и получить от нее боеприпасы, оружие, военное снаряжение.