Un barco comerciante español lleva a un solo preso, Rodolfo, desde el Perú a una cárcel en Sevilla. Este enlaza una amistad con el Piloto del barco, a quien le cuenta su historia. Parece que, uno de los poderosos de la Inquisición, intentó violentar a su esposa, y al vengarla lo encarcelaron sin darle a ella siquiera su paradero. Noble de origen, le comenta al piloto que tiene suficiente dinero para darle en caso de recibir su ayuda para liberarlo. Este, avaro, idea un plan para apoderarse de la nave y su dinero, poniendo en riesgo a todo el resto de la tripulación. El único que puede salvar al porvenir de Rodolfo es su hermano, el Padre Anselmo, que tendrá que ir hasta Perú para impedir que la Inquisición lo encarcele injustamente. En esta continuación de «El Inquisidor Mayor», Bilbao vuelve a exponer la corrupción del sistema eclesiástico, y les brinda un pasado a los personajes de su primera novela.
Manuel Bilbao (1827–1895) fue un escritor y abogado chileno, que dedicó su vida entera a la política. Desde joven se involucró junto a su hermano Francisco en actividades subversivas. Trabajó en sus ideales liberales, anticoloniales y anticatólicos, junto a sus compañeros de La Sociedad de la Igualdad y luego ejerció como redactor del diario La Barra, que le permitió oponerse a los gobiernos de Bulnes y Montt. Esta fue la razón por la cual tuvo que huir a Lima, donde escribió importantísimas obras, tales como «Él Inquisidor Mayor» y «Los Dos Hermanos», fundadoras del género de novela histórica, además de continuar con su carrera como periodista. Terminó su vida en la Argentina, donde también generó fuertes lazos políticos tras haber fundado el diario liberalista La Libertad.